El primero siempre es malintencionado, el segundo puede ser tanto para bien como para mal.
Eso en la "vida real", en Harry Potter no lo sé.

Normalmente se relaciona "brujería" con "pacto con el diablo" y al hechicero (nunca hechicera), se le relaciona como curandero, hacedor del bien...

Etimológicamente, el primero puede ser por múltiples causas, todo lo que incluye la brujería. Pociones, maldiciones, embrujos varios (como el vudú, ataduras, esas movidas) y el segundo, hechizos propiamente dichos, o lo que es lo mismo, una ejecución verbal o física (con báculos o varitas) que ayuda a canalizar un poder (llámese "maná" o lo que quieras) y modifica el mundo físico. Y ese mundo físico incluye tu cerebro o tu comportamiento.
También hay que separarlo de los conjuros, que son crear cosas físicas, los encantamientos, que es asignar propiedades a cosas que ya existen, y un larguísimo etcétera que es el infierno de cualquier master de Rol.